La ville possède également d'importantes installations portuaires sur le Rhin, qui constitue la première voie navigable d'Europe et le premier fleuve commercial du monde. En 1920, le siège de la Commission Centrale pour la Navigation du Rhin (voir supra, « capitale européenne ») fut transféré de Mannheim à Strasbourg et logée dans l'ancien palais impérial, rebaptisé Palais du Rhin. Le port autonome de Strasbourg est le deuxième port fluvial de France avec plus de 8,6 millions de tonnes de marchandises en 2004.

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